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小儿注射乙脑疫苗可能会出现发热，主要是因为乙脑疫苗本身是由乙脑病毒经过减活制成，是一种活疫苗，将它的毒性基本消除后注射体内，人体会产生免疫反应，产生抗体，遇到真正的乙脑病毒时，可达到预防疾病的目的。流行性乙型脑炎具有较好的预防作用，疫苗虽然已将毒性去除，但它以活性的病原微生物制成，注射入体内后，人体免疫系统可能会对它产生识别，进而产生免疫反应，部分小儿会出现发热的现象。发热并非疾病，不会出现乙型脑炎，这种发热通常＜38.5℃，不具有临床症状。多饮温水，清淡饮食，多注意休息，通常1-2天可得到有效缓解。如果出现发热明显增高，持续时间较长，伴有明显临床症状，通常不考虑为疫苗反应，可能是在注射疫苗前或在注射疫苗中出现疾病，造成发热现象。