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阿莫西林可以用来治疗慢性前列腺炎，但是并非最优的选择。前列腺炎通常是因为细菌、支原体、衣原体进入尿道，接着又进入前列腺局部，导致局部的炎症病灶。实际上有研究发现，引起病变的病原菌多是革兰性阴性杆菌，包括支原体、衣原体，对于此类细菌，和支原体、衣原体，阿莫西林实际上并不是最为有效的抗菌药物，因为阿莫西林主要针对球菌可能更为有效。所以对于慢性前列腺炎，更为合适的药物，包括喹诺酮类、大环内酯类、四环素类等，如左氧氟沙星、米诺环素、阿奇霉素等。因为有研究发现，较多前列腺炎患者都是革兰氏阴性杆菌，加上支原体、衣原体感染，这些抗生素一方面对于这些杆菌有独特疗效，与此同时，对于合并的支原体、衣原体，也有一定的抗菌治疗效果。所以在临床上大部分慢性前列腺炎患者，一般建议选用抗生素时，可以首先考虑采用喹诺酮类、大环内酯类、四环素类的抗生素，对于合并不同病原体感染的前列腺炎患者，都有良好的疗效。