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新生儿做核磁共振检查主要是做头颅、关节，核磁检查对人体没有明确伤害指征，一般认为安全，核磁共振检查按层次进行扫描，需要时间相对比较长，因此新生儿检查一般都需要镇静处理。 核磁检查对显示新生儿的头颅颅内病变最为清楚，所以新生儿脑缺氧表现、脑功能恢复的情况优选核磁共振，但有时因为检查不方便等原因，会选择CT检查或者头颅B超，但是从安全角度讲新生儿做核磁共振是安全的。部分宝宝有腹腔问题，包括肝脏、心脏问题，也可以优选核磁检查，而肺部问题选CT检查，相对比较好，部分先天性淋巴管畸形的宝宝优选做核磁共振检查。