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调节肠道菌群失调的药物主要为益生菌，可分为真菌类以及非真菌类，即细菌类。常用的益生菌包括双歧杆菌、三联活菌，复方嗜酸乳杆菌、酪酸梭菌、乳杆菌二联活菌、枯草杆菌二联活菌以及布拉氏酵母菌散。不同人群选择的益生菌种类及剂量稍有不同，比如双歧杆菌三联活菌、枯草杆菌二联活菌，包括胶囊以及散剂，小孩适合使用散剂，而成人一般使用胶囊。一般建议使用温开水送服益生菌，避免过高温度的水或奶冲调，以免益生菌遭到破坏，从而降低作用。肠道菌群失调通常表现为腹痛、腹胀、便秘或者腹泻，可行大便化验观察球杆比是否失调以及肠道菌群分析，以判断是否存在菌群失调。