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支链氨基酸在治疗肝性脑病方面，可以纠正支链氨基酸与芳香族氨基酸的平衡。因为患有肝性脑病后，支链氨基酸与芳香族氨基酸的比例会降低。此时通过使用支链氨基酸，能够增强肝脏对蛋白质的耐受，从而改善肝性脑病的情况。肝性脑病在发生的过程，假说之一就是支链氨基酸的平衡被打破。而在肝脏当中，支链氨基酸与芳香族的氨基酸的比例是3-3.5:1。由于肝脏疾病，使肝脏对胰岛素的灭活能力下降，导致肌肉中大量的支链氨基酸被代谢，两种氨基酸的比例平衡被打破，肝脏对蛋白质的耐受能力降低。因此肝性脑病的治疗中，在使用其他的治疗方法效果较差的情况下，就会考虑使用支链氨基酸进行治疗。