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肛门镜检查和肛门指检是肛肠科常规检查，对于初诊的肛门疾病患者必须进行肛门指诊和肛门镜检查，这是常规检查方式及手段。常规的肛门指诊，或者肛门镜诊其实不会引起肛门疼痛，所谓的不适感其实是异物感或者不耐受感，并不会引起非常明显的疼痛，并不是真正的疼痛。严格按照肛门指诊或肛门检查操作进行的检查，不适感会明显降低，比如在进行指诊或肛门镜检查的时候，不能粗暴的进入到患者直肠内。而是首先要进行肛门按摩，肌肉松弛后来进一步进指或进肛门镜，患者的不适感会明显减轻。也就是进行这两种检查一般不会引起疼痛，所谓患者的不适感实际上是因为异物进入肛门的异物感、不耐受感。​如果出现疼痛，一定是由于患者本身的肛肠疾病所造成，比如脓肿、嵌顿痔、肛裂。有这些疾病存在的时候，进行指诊或者肛门镜检查时，患者可能会出现严重疼痛。如果出现严重疼痛，往往不能够强行地进行检查，可涂抹麻醉剂，或者在手术室麻醉下进行检查。