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进行核磁共振检查对身体没有伤害，主要是核磁共振是通过磁场成像，利用外磁场对人体的作用，再通过射频来刺激的人体内氢原子核发生共振，产生信号，再通过计算机收集这些信号转换为图像，进行影像学的诊断。CT是通过X线成像，具有X线的辐射，对身体有伤害。 到目前为止还没有核磁共振对人体伤害的病例，但是有部分的患者不适应做核磁共振检查，特别是放过心脏起搏器的患者绝对禁止。还有一些是眼球内有金属异物，或大血管旁有金属异物，也不能做磁共振检查。还有需要特别提出的怀孕三个月之内的孕妇，因为三个月之内是胎儿神经系统发育的关键时期，强磁场对胎儿神经系统有一定的刺激作用。