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益生菌对治疗幽门螺杆菌的作用并不确切，没有直接的杀菌作用。在幽门螺杆菌规范的根除治疗中，四联疗法和三联疗法中应该没有益生菌的位置，主要治疗还是依靠抗生素，同时靠抑制胃酸的药物和胃黏膜保护剂的铋剂协助。但是益生菌会在某些时候用于根除治疗，主要是具有一定的协助作用，可以减轻这些根除药物的副作用。因为益生菌可以改善肠道菌群，对胃肠黏膜可能有一定的保护作用，可能会减轻腹胀、便秘等症状。在幽门螺杆菌根除治疗时，可能会有恶心、胃胀、胃不舒服、轻微的腹泻、大便不成形等反应，益生菌对治疗这些不良反应可能会有一定的帮助。所以，有时在根除幽门螺杆菌治疗的方案中，会联合用益生菌之类的药，但是它没有直接根除幽门螺杆菌的作用。