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甲状腺功能减退大部分由自身免疫性损伤所引起，甲状腺功能减退最常见的原因是桥本甲状腺炎，属于自身免疫性疾病，是免疫系统误将甲状腺当作敌人进行攻击破坏，使甲状腺功能减退。妊娠期最常见的是妊娠期亚临床甲状腺功能减退，亚临床甲状腺功能减退是为胎儿创造一个最佳的环境，而定的一个相对性的诊断名称，如果女性无妊娠，则不存在该疾病。 妊娠期亚临床甲状腺功能减退时，若促甲状腺激素控制在2.5mIU/L以内，最佳数值为1.5mIU/L以内的正常范围，需由专业的医生来判断和治疗。另外，如果妊娠合并有甲状腺功能减退时应及时诊断和快速进行治疗，因为甲状腺激素参与胎儿大脑和神经系统的发育。