伤寒和菌痢的区别，首先从现代医学的角度来看，两者的区别在于疾病均不同，症状不同，并发症以及发病的病理机制和实验室检查都不同。如果从中医的角度来进行分析，区别主要在于病名不同、发病原因不同以及治疗方法不同。

1、病名不同：伤寒在中医学中的病名多属于湿温病，或温病。而菌痢在中医学中则属于痢疾的范畴。

2、发病原因不同：菌痢主要病因是外感时邪疫毒，内伤饮食不洁所导致，伤寒主要是伤寒沙门菌引起的。

3、治疗方法不同：从菌痢的治疗上，往往采用祛邪调气和血的方法。可以使用白头翁汤、不换金正气散、真人养脏汤、桃花汤等药物进行治疗。伤寒中医多使用藿朴夏苓汤等药物，在医生指导下使用。