细菌性痢疾的病理变化主要发生在大肠，以乙状结肠和直肠为主，严重的患者可能会波及整个结肠甚至回肠末端。

急性细菌性痢疾初期，肠道表现为急性炎症，随后出现假膜性炎症和溃疡，最后愈合。肠黏膜呈现弥漫性纤维蛋白渗出性的炎症，早期肠道黏膜会有点状的出血。随着病变进一步发展，肠黏膜上皮形成浅表的坏死，表面有大量的黏液、脓性分泌物。

患者会出现腹痛、里急后重的症状。黏液脓血渗出物中有大量的纤维素、坏死组织、炎症细胞、红细胞以及细菌，共同形成特征性假膜。一周左右假膜开始脱落，形成大小不等、形状不一的地图样溃疡，属于细菌性痢疾的典型病理改变。