怀孕初期自然流产的原因有很多，最常见的因素是胚胎自身的因素，但也可能与母体异常有关，需要及时就医，必要时需要进行保胎治疗。

1、胚胎自身因素：主要与染色体异常有关系，包括结构的异常和染色体数目的异常。常见的结构异常包括平衡、易位、缺失等。而数目异常常见的有21-三体、13-三体、三倍体等。

2、母体异常：有些母亲在孕早期有严重并发症，如感染，或心肺疾病、肝功能异常、贫血、甲状腺功能低下等，或孕妇存在黄体功能不全时，都会导致发生流产。

3、其他：怀孕后精神高度紧张，以及一些不良生活习惯，如吸烟、饮酒等，都会引起孕早期自然流产。

如果孕早期接触放射性物质、化学性有毒物质等，都会引起胚胎发育异常，从而导致自然流产。但还可能是免疫方面因素，极少数目前仍然原因不明。