疱疹性咽峡炎一般是因为柯萨奇病毒引起的，有自限性，一般使用对症的药物进行治疗，例如患者出现发热，可根据体温口服退热药，或者是使用物理降温的方法进行退热。

如果患者的体温超过38.5℃，可口服布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚片、洛索洛芬钠片进行退热治疗，如果体温低于38.5℃，可给予物理降温，例如温水擦浴、冰袋物理降温、退热贴等。

患者如果出现了咽痛、头痛、鼻塞的症状，可口服感康，缓解临床症状。

如果患者症状经治疗后不见好转，或出现加重，或伴有明显的咳嗽、咳黄痰等症状时，可能有其他致病微生物的感染，或向下蔓延形成支气管炎或肺炎，需要积极就医完善血常规、C反应蛋白、降钙素原、支原体抗体、衣原体抗体等相关检查。

如果患者伴有细菌感染，需要使用抗生素进行治疗，常用的抗生素包括头孢克肟、阿莫西林、左氧氟沙星等。

如果患者出现了支原体抗体、衣原体抗体的升高，考虑有支原体、衣原体的感染，需要使用大环内酯类的阿奇霉素、红霉素、罗红霉素，或者是喹诺酮类的左氧氟沙星、莫西沙星进行治疗。