乳糖不耐受的婴儿是否能够自愈，取决于婴儿乳糖不耐受原因是原发性的乳糖不耐受，还是继发性的乳糖不耐受。

如果婴儿是原发性的乳糖不耐受，也叫做先天性的乳糖不耐受，是孩子本身因为遗传因素导致的，一般不能够自愈。

部分婴儿乳糖不耐受并不是先天性，而是继发性的乳糖不耐受，婴儿自身并不缺乏乳糖酶，而是因为其他原因，比如婴儿因为腹泻的时间比较长，造成的肠黏膜的损伤，而乳糖酶本身就依附在肠黏膜上部，由于肠黏膜受到损伤，从而造成婴儿体内大量的乳糖酶丢失。

婴儿就不能够很好地消化乳糖，从而引起继发性的乳糖不耐受。乳糖不耐受的婴儿在原发的疾病，例如腹泻病或者是细菌性肠炎得到有效治疗之后，乳糖不耐受是可以自行恢复的。

所以一旦发现孩子有乳糖不耐受，首先要判断类型，然后对症用药。