巧克力囊肿叫子宫内膜异位症，主要是具有活性的子宫内膜细胞，种植在卵巢局部，当每个月子宫内膜在雌激素和孕激素的作用下，出现脱落，导致阴道流血，也就是来月经的时候，异位在卵巢局部的子宫内膜，也会发生这种出血的现象，因此会导致局部出现类似于巧克力样的囊肿，因此叫巧克力囊肿，也是子宫内膜异位症的一种。

在临床通常会导致出现进行性加重的痛经，还有可能会出现不孕不育等。建议如果囊肿的直径<4公分的情况下，可以保守治疗，比如来月经的时候，出现痛经，可以吃妇科一些药物进行治疗，常用的有益母草、经带宁等。另外，如果囊肿直径>4公分，可以考虑进行手术进行治疗，根据病情决定开腹手术还是腹腔镜手术。