新生婴儿先天性心脏病是由遗传因素、母体因素，以及环境因素等引起。先天性心脏病是胚胎期心脏及大血管发育异常所致的先天性畸形，是儿童最常见的心脏病，其发病率在活产新生婴儿中占6%-10%。

1、遗传因素：新生婴儿先天性心脏病既有单基因遗传缺陷，也有染色体畸变，即多基因遗传缺陷，且多基因遗传缺陷占多数；

2、母体因素：新生婴儿先天性心脏病与母体的感染、服用药物等有关。特别是妊娠早期患病毒感染，如风疹、流行性感冒、流行性腮腺炎等，或者母体服用抗癌药、缺乏叶酸等；

3、环境因素：母体处于有害环境，例如接触放射物、有机化学物等，均可能会引起先天性心脏病的出现；

4、习惯因素：如母亲在孕期长期抽烟、喝酒，可能会导致胎儿心脏发育畸形，引起先天性心脏病的出现；

5、疾病因素：当母亲在妊娠期间患有慢性病，如甲状腺功能亢进症、糖尿病等，可能也会增加新生儿出现先天性心脏病的几率。

加强孕妇的保健，特别是在妊娠早期积极预防风疹流感等病毒性疾病，以及避免与发病有关的因素接触，保持健康的生活方式等都对预防此类疾病具有积极的意义。