淋菌性直肠炎容易与痢疾、直肠癌及溃疡性直肠炎等病混淆，应注意加以鉴别。

1、痢疾：急性痢疾多有发热恶寒，主要表现为腹痛腹泻、里急后重、黏液脓血便。体检时可见肠鸣音亢进、左下腹压痛。实验室检查可见血象白细胞增多，粪便检查可见大量红细胞、白细胞并有吞噬细胞。取脓血部分作细菌培养可见痢疾杆菌生长，这是根本的区别。如果合并淋菌性直肠炎时，则要做二者的细菌培养；

2、直肠癌：患者可表现为大便频繁、黏液血便、肛门坠胀等，或有排便不畅、大便变细变扁。直肠指检时触及坚硬、表面结节状的肿块，或有肠腔狭窄。可出现贫血、低热等全身症状，诊断须结合组织学检查；

3、溃疡性结肠炎：临床表现为持续性或反复发作性的黏液脓血便，可有不同程度的全身症状，如关节、皮肤、眼、口及肝胆等肠外表现。结肠镜检查见黏膜充血、水肿、粗糙呈颗粒状，有脓性分泌物附着。病变明显时可见多发性、弥漫性糜烂或溃疡。黏膜活检可见隐窝炎性细胞浸润、隐窝脓肿﹑隐窝结构异常杯状细胞减少，隐窝上皮增生，固有膜内弥漫性炎症细胞浸润。黏膜表层多发性糜烂及溃疡形成，关键是大便的细菌培养没有致病菌。

参考资料：[1]汪建平.中华结直肠肛门外科学.第1版[M].北京.人民卫生出版社.2014.