肱骨髁上骨折晚期并发症主要是肘内翻、骨化性肌炎，具体内容如下：

1、肘内翻：是肱骨髁上骨折最常见的并发症。性质上是一种外观畸形，多数不影响肘关节的功能活动。形成原因为骨折畸形愈合，而非生长障碍所导致。肱骨远端内侧柱的塌陷、整复后遗留尺偏畸形、远骨折端的旋转都是形成肘内翻的重要原因。绝大部分病人肘关节内外侧的生长机制并没有遭受破坏；

2、骨化性肌炎：多数情况是由于粗暴地多次手法整复、切开复位术中的广泛剥离显露、术后暴力被动牵拉锻炼等所引发。根据骨化发生的位置和骨化程度不同分为异位骨化和骨化性肌炎，禁忌行手术松解，可通过主动功能锻炼配合理疗康复而期望恢复功能。

参考资料：[1]田伟.实用骨科学.第2版[M].北京.人民卫生出版社.2016.