虽然HLA-B27阳性者，不一定必然发生强直性脊柱炎；而HLA-B27阴性者，也不一定必定不会发生强直性脊柱炎；但HLA-B27阳性对强直性脊柱炎的诊断和预后判定有重要的参考价值。它在以下方面有助于诊断：
　　（1）如果症状和体征提示患者为脊柱关节病，HLA-B27阳性会显著增加正确诊断的机会。
　　（2）患炎性关节病变的儿童，HLA-B27阳性可提示可能会发生强直性脊柱炎。
　　（3）如果强直性脊柱炎患者的子女HLA-B27阳性，尤其是男性，提示其发生强直性脊柱炎的可能性较大。
　　另外，刘湘源等的研究发现，与HLA-B27阴性的强直性脊柱炎相比，HLA-B27阳性者发病相对较早、临床症状较重、全身症状及外周关节炎（如髋关节等）的发生率较高，免疫学指标改变 （ESR、CRP和γ-球蛋白增高）较多，家族聚集现象、竹节样脊柱和眼炎的发生率也较高， 即HLA-B27阳性的患者的病情较重，预后欠佳。总之，HLA-B27为诊断强直性脊柱炎的参考指标，并非诊断依据。若已经X线片证实诊断为强直性脊柱炎的患者，可不再行HLA-B27检查。