下丘脑功能障碍导致不排卵是由于下丘脑的输入信号不正常而导致促性腺激素释放激素减少。好发于年轻妇女，以精神性低促性腺激素性闭经最多见。各种异常刺激包括突然的精神刺激、剧烈的运动、过度恐慌、忧郁、精神紧张、盼子心切导致闭经等。精神性厌食、单纯体重下降性闭经和运动量过大也可导致内分泌的障碍；全身严重的消耗性疾病或营养不良也可致无排卵和闭经。其特点是直接和间接地引起下丘脑的GnRH 脉冲式分泌异常导致垂体促腺激素分泌异常，FSH与LH水平下降，LH峰消失，造成无排卵。
　　1、Kallman综合症：以低促性腺激素、性激素为主，伴有嗅觉减退或缺失的一种遗传性疾病。主要表现为原发性闭经，到达青春期年龄无性征发育，染色体核型正常，卵巢及女性内生殖器分化正常，低促性腺激素水平低下，雌孕激素水平低下，卵巢无功能活动。
　　2、神经性厌食：是一种精神神经内分泌紊乱性疾病。临床表现为闭经伴不同程度的性征消退，子宫和卵巢缩小，消瘦明显。
　　3、全身性疾病：如重度营养不良，过度肥胖，饮食中缺少维生素A、B、E均可影响卵巢功能，内分泌代谢方面疾病，如甲状腺或肾上腺功能亢进或减退、重症糖尿病均可影响卵巢功能而导致无排卵。
　　4、黄体功能不足或黄体功能不全：由于卵巢黄体分泌孕酮的量不足或时间短造成的。
　　这一类排卵障碍的治疗涉及精神治疗和生活方式的调整，使其恢复下丘脑－垂体－卵巢的功能。因其低性腺激素的特点，所以对要求生育者可应用促性腺激素治疗来诱发排卵 。