小儿发烧灌肠对于孩子的伤害，首先是对直肠内的微环境的影响，直肠内有固定的生理环境，如果长期或者多次用药物灌肠，会导致直肠黏膜、直肠的酸碱度，还有直肠壁的分泌吸收功能和生理环境发生改变，损伤肠道。

其次，是肠道内还有很多的细菌，很可能会随着灌肠液进入到肠道深处，造成污染，尤其是一些抗生素灌肠液，有可能会杀灭肠道内的有益菌群，造成体内菌群失调，继发感染而出现腹泻。

小儿发烧灌肠危害很多，所以小儿发烧灌肠，一定要特别注意要综合评估小儿的整体状况，看是否可以耐受。