咳嗽时肚子两边疼得厉害，一般是由于咳嗽剧烈的时候牵引肚子疼痛，属于牵涉性疼痛，并不需要特殊治疗，随着咳嗽的好转会逐渐好转。如果肚子疼痛剧烈，或者是伴有恶心、呕吐等等消化系统的症状，还有肚子疼并没有随着咳嗽的好转而好转，就要警惕是否由于腹部本身的病变而导致的肚子疼。最好能做一些腹部的检查，比如腹部彩超、腹部CT等等，进一步来排除腹部的问题。如果就是因为咳嗽牵引腹部而出现的两边肚子疼，这种情况下，只要治疗咳嗽就可以。

咳嗽可能是因为感染性疾病而导致，比如上呼吸道感染、急性气管支气管炎、肺部感染、胸膜炎等等，这时可以进行抗感染治疗。细菌感染导致的可以给予抗生素抗感染治疗，如果是病毒感染所导致，给予抗病毒的药物或中医中药辨证治疗。如果是支原体、衣原体等非典型病原菌感染所导致，可以给予大环内酯类的抗生素。如果是大于18岁的成人，也可以用喹诺酮类的莫西沙星等等进行治疗。如果是理化因素刺激而造成的咳嗽，离开这种环境，咳嗽就会逐渐缓解。咳嗽剧烈的时候，也可以适当用镇咳的药物来缓解症状，比如复方甘草口服液等等。注意如果痰比较多的情况下，要喝化痰的药物，比如羧甲司坦口服液，并且镇咳药物要少用。