如果脚踝扭伤后三个月仍然有疼痛症状，常见于以下几种原因：

1、创伤性关节炎，脚踝发生扭伤后关节面软骨出现严重损伤，但病人受伤当时未检查踝关节的核磁共振，因此未发现软骨损伤的情况。正常负重后会使软骨损伤部位持续加重，最终引起创伤性关节炎，病人在行走时会有明显的关节疼痛，甚至会伴有关节肿胀和活动受限。

2、慢性踝关节不稳，脚踝扭伤后韧带出现撕裂，踝关节稳定性下降。如果病人未及时发现，未长时间制动，会导致韧带未完全修复，病人会出现踝关节的不稳定，长此以往会有疼痛、活动受限以及踝关节反复出现积液等症状。