肝内多发小囊肿的治疗，可分为保守治疗、介入治疗、手术治疗，具体如下：

1、保守治疗：如果是单纯性的囊肿，并且比较小，这时不用特殊治疗，既不需要服用药物，也不需要进行手术，但是需要注意饮食，例如尽量不要饮用含有酒精的饮品，不要吃过于油腻的食物，不要吃腌制食品等，可适当摄入新鲜的水果和绿色蔬菜，适当摄入低脂肪的优质蛋白，常见的有新鲜的鱼肉和虾肉。

2、介入治疗：如果囊肿比较大，导致肝功能变差，这时可以行介入治疗，需要向其内注射无水酒精，或者是聚桂醇等，这样能够使囊肿缩小，部分患者也可以行腹腔镜下囊肿开窗术来进行治愈。

3、手术治疗：如果是由于寄生虫病所导致的肝囊肿，这时就需要进行药物驱虫，并且行手术治疗。