肺结核药物的不良反应，根据选择药物不同，不良反应有所不同。在临床中发现最常见的不良反应是患者肝功能损伤，引起谷丙转氨酶的升高，会引起胃肠道的不适反应，出现恶心、呕吐、腹泻等症状，其他的药物还会引起药物性皮疹、过敏反应等。肺结核的药物可以分为一线抗结核药和二线抗结核药，普遍来说一线药物的耐受性和不良反应都比较少，二线药物相比副作用偏多。

抗结核治疗为防止耐药的发生，都是需要多种药物联合治疗，根据选择药物的不同，副作用也有所不同。异烟肼会引起周围神经病变、中枢神经系统的中毒和肝脏损伤，利福平主要是会引起胃肠道的不适反应、肝功能损伤，乙胺丁醇可引起球后视神经炎、过敏反应，吡嗪酰胺可以引起腹痛、腹泻，以及药物性肝损伤。