卵巢囊肿微创手术的过程如下，麻醉成功后手术医生会首先在患者的肚脐切一小口，进入器械，然后充入二氧化碳气体，将人体的腹部膨起，暴露出手术的空间后，再在腹部的相应位置，根据病情的需要切2-3个小切口，然后再进入器械。进入器械之后找到卵巢囊肿，一般首先是要将卵巢囊肿内的液体放出。如果是巧克力囊肿，则还要进行冲洗，避免出现巧克力囊肿在腹腔内的种植。

将里面的液体放出之后，则进行囊肿的剥离，整个剥离过程大约需要半小时或者更长的时间，要根据囊肿的大小和性质而定。囊肿剥离之后再进行手术的缝合，将创面缝合止血之后再进行腹腔的冲洗，冲洗干净之后就可以将气体放出，将刀口缝合，患者清醒之后就可以回到病房。