肛瘘手术后遗症，主要包括术后复发、肛门潮湿及瘙痒、肛门失禁等，具体如下：

第一、术后复发：如果在肛瘘手术的过程中，遗漏了瘘管或者内口的处理，就会导致肛瘘术后复发，也会表现为肛周肿痛，以及流脓症状。

第二、肛门潮湿及瘙痒：一些肛瘘手术范围比较大的患者，在切口完全愈合后，会导致患者肛门闭合不紧，肠道内的粪水，以及黏液会渗出到肛门周围，从而引发肛门周围潮湿、瘙痒等症状。

第三、肛门失禁：肛瘘手术时，如果瘘管位置偏高，再手术过程中切断了肛直环，会导致患者术后出现肛门失禁。