肛瘘最主要的表现是在肛门周围可以发现有较小的瘘口，会有液体流出体外，有时液体为恶臭味，并且在肛周可以有明显的包块。包块可以质地较硬，甚至有明显的红肿及疼痛。部分患者还可合并有体温升高，甚至是寒战和高热的症状，主要提示感染比较重，所以在发现肛瘘后需要尽早去医院的普外科和肛肠外科进行检查并治疗。

一般需要先给予抗生素进行治疗，常用的药物有头孢类抗生素或者是青霉素类抗生素等，有时还需要使用抗厌氧菌药物进行治疗，然后在麻醉状态下行肛瘘剔除术或者是肛瘘挂线术，手术后还需要给予规律的换药，以观察创面的恢复情况。