灰指甲患者包药时会有疼痛感，主要是因为抗真菌药物对皮肤组织造成了刺激。

灰指甲是由真菌感染甲板以及甲下组织，而导致的一种常见真菌性疾病，可以应用外涂的抗真菌药物进行治疗。为了保证药物可以直达病灶，发挥良好的杀灭真菌的作用，临床通常使用水杨酸或者软膏进行包裹，将病甲溶解。这些溶甲的药物，不只对指甲有溶解作用，对周围皮肤也有一定的腐蚀作用，所以包药以后会有疼痛的感觉。

正常情况下，这种疼痛通常不会持续太久。如果疼痛较为严重或者持续时间较久，则需考虑是患者对药物比较敏感或者药物刺激性较大导致，此时需要立即就医，停止包药，同时彻底清洗，防止病情加重。

此外，部分患者可能是由于包药时医用胶布缠绕过紧，导致局部血液循环不畅，引起患甲周围疼痛。此时患者需及时就医，去除胶布，检查局部没有淤血、肿痛等异常后再次包扎。