唇腭裂是因为胚胎在发育前12周受到影响，使得正常胚胎的发育及胚胎组织之间的融合受到阻碍导致。常见原因包括遗传因素和环境因素，可能是单独某个原因引起，也可能是多个原因综合作用的结果。
现在已经证实，家族中有唇腭裂病史的胎儿发生唇腭裂的几率比较高，唇腭裂可单独发病，也可能合并其他躯体部位的畸形。
1、维生素缺乏：孕妇频繁呕吐或者偏食导致维生素缺乏，无法供应胎儿所需营养，胎儿发育不良，可能会引发唇腭裂；
2、精神刺激：孕妇在妊娠期间精神不稳定，经常出现忧虑、焦急、暴躁、恐惧等不良情绪时，可能会使肾上腺皮质激素分泌增多，阻碍胚胎正常融合，造成胎儿唇腭裂；
3、病毒感染或药物：怀孕初期，特别是胎儿面部形成时期，孕妇被病毒感染患有呼吸道感染、风疹等，或服用某些化学药物如激素，也可能影响胎儿面部畸形，出现唇腭裂；
4、不良生活习惯：孕前曾嗜好烟酒或怀孕期间经常吸烟、饮酒者，体内尼古丁、乙醇等有害物质容易造成胎儿畸形，使胎儿唇腭裂的发生几率增大。