婴儿肠炎的治疗根据引起肠炎的病因，具体治疗方式如下：

一、病毒感染引起的肠炎，需要应用抗病毒药物，如抗病毒口服液或者是静脉输液，可以选择利巴韦林注射液等。同时给予针对婴儿腹泻的药物进行治疗，可以口服醒脾养儿颗粒、蒙脱石散，或重症脱水给予静脉输液补液药物治疗。

二、如果是细菌感染引起的肠炎，需要应用头孢或青霉素类抗生素进行治疗，如口服头孢克肟或者是阿莫西林颗粒，重症需要输头孢或青霉素类抗生素。如果重症脱水给予补液治疗，轻症可给予口服蒙脱石散，或思连康、整肠生、金双歧、妈咪爱等药物进行调整胃肠功能。如果是消化不良引起的肠炎，需要控制饮食，避免口服刺激、不易消化的食物，尽量以米粉和粥为主。

口服药物上可以口服醒脾养儿颗粒和蒙脱石散综合性治疗，同时各类肠炎都可以进行，中医的穴位推拿以及中医艾灸，还有中药穴位敷贴治疗来辅助治疗肠炎的症状。