婴儿消化不良和肠炎都可以表现为大便次数增多和大便性状的改变，正常婴儿的便为黄色软便，消化不良和肠炎都会出现便成黄绿色、棕色或者黑色，便中带黏液和泡沫。两者的区别主要是靠便常规的检测，消化不良便常规主要表现为稀便，镜下可以见到脂肪颗粒，肠炎可以在便常规中表现为红细胞、白细胞。

消化不良主要是吃消化类的药物，如益生菌制剂和消化酶类，肠炎在用消化药的同时要给予抗炎治疗，轻度的肠炎可以给予中药的消炎药，如炎宁颗粒，重度的肠炎需要用头孢三代的消炎药。