儿童接种手足口病疫苗的年龄段在出生后的六个月至五周岁之间，因为儿童在这个年龄段容易好发手足口病，并且会出现严重的并发症。这个年龄段的儿童免疫力比较低，感染手足口病以后会引起神经源性肺水肿、心肌炎等严重的并发症，甚至会造成死亡。

手足口病疫苗主要是针对于EV71肠道病毒而研制的，造成重症手足口病的原因，大多是儿童因EV71病毒感染造成的，肠道病毒的柯萨奇病毒大多引起轻症的手足口病。