儿童疱疹性咽峡炎，当有高热或者是有高热惊厥史的，需要采取积极的降温措施，可以使用物理降温，如冰枕、乙醇擦浴等方法，或者口服对乙酰氨基酚每日40-60mg/kg，或者布洛芬混悬液，主要用于大于6个月的儿童，每次5-10mg/kg，或者贝诺酯每次25mg/kg，或者给予小儿退热栓肛门塞入，根据病情可以4-6个小时重复1次，但不宜大剂量用药，以免体温骤降、多汗，甚至发生虚脱。

如果发生高热惊厥，可以给予止惊处理，用10%的水合氯醛，每次0.5ml/kg保留灌肠，或者应用地西泮，每次0.1-0.3mg/kg，静脉缓慢推注或者肌内注射。假如合并细菌感染的患儿，需要合理的抗生素治疗。要注意口腔的护理，可以使用清热解毒的中成药喷剂，以减轻患儿的疼痛，如银黄含化片、草珊瑚含片、西瓜霜润喉片等含服，或者应用西瓜霜气雾剂喷咽喉部，可以用淡盐水或者复方硼酸溶液漱口。