疱疹性咽炎是由病毒感染导致的，首先要考虑应用抗病毒的药物对症治疗，临床上常见抗病毒的药物有利巴韦林、阿昔洛伟、更昔洛韦等。

症状较轻时，可选择口服或者是雾化吸入，症状较重时，需要静脉用药。咽部疼痛较明显时，可应用镇痛药物。

如果血常规提示白细胞增高，中性粒细胞增高，可选用抗菌素。一般应用罗红霉素或者头孢类的抗菌素。还要多饮水和流质饮食，补充液体量，以防高热。