乙肝大三阳抗病毒治疗，如果应用干扰素治疗，一般疗程为48周。应用干扰素治疗24周时，如果乙肝病毒DNA下降<2lgIU/mL，而且乙肝表面抗原定量>2×10^4IU/mL。再继续治疗效果不好，建议停用干扰素，改为口服药物治疗。对于治疗有效的患者，疗程为48周，也可根据病情延长疗程，但不应超过96周。

应用口服抗病毒药物治疗的，没有固定疗程。治疗1年后，如果大三阳转为小三阳，转氨酶降至正常，乙肝病毒DNA检测不到，需再巩固治疗至少3年。在此期间，每隔6个月复查一次，仍保持不变的可考虑停药观察。