小三阳携带者复查时主要要做以下检查：

1、肝彩超，可以看肝脏的大小、形态是否正常，肝脏内是否有长其它异常的结构。

2、肝功能检查，初步判断是否有肝炎活动。

3、病毒量检查，了解病毒量的大小。

4、甲胎蛋白检测，甲胎蛋白是监测肝癌的一个敏感指标，在肝癌出现的早期就有可能出现反应性的升高。

5、肝纤维化扫描检查，当肝脏出现纤维化形成时，在早期肝脏彩超可能完全正常，但是在肝纤维化扫描时可能就已经出现了异常。

所以对于以上的检查都要做好定期的复检，对肝脏进行全面的评估和判断。