肺结核患者多次查痰是阴性的，在完善其他检查的情况，并排除其他疾病的可能，是可以诊断为痰菌阴性的肺结核。也需要进行抗结核治疗，抗结核治疗的方案是利福平、异烟肼、乙胺丁醇和吡嗪酰胺，在抗结核治疗1-2个月左右需要复查肺部CT，观察病灶的变化吸收情况，也需要定期门诊随访，定期复查肝肾功能等，观察药物不良反应。

如果抗结核治疗后，患者的病灶有所吸收也证明是肺结核。痰菌阴性的肺结核，临床诊断比较困难，需要到正规的医疗机构进行综合的检查判断。