抗菌药物临床遵循六个原则，在患者出现临床症状、体征及实验室检查时，尽早明确感染的病原菌，通过病原菌选用敏感的抗生素，选用抗生素时要综合考虑患者的全身情况，药物所达到组织器官的浓度以及药物可能发生的不良反应，及药品价格等多方面因素选用合理的抗生素。

如果一种抗生素效果欠佳，可以联合另一种抗生素进行治疗，这样可以减少用药的剂量，并且可以提高疗效，降低药物的毒性和不良反应，同时有些疾病可以预防应用抗生素，比如在胃肠道胸腹部手术后可以预防应用抗生素。有些肝肾功能不全或者肾功能不全的病人一定要选用合理安全的抗菌药物，防止抗菌药物的不合理应用。