真菌性肺炎在早期可能没有任何明显的临床特征，或者只有轻微的咳嗽、咳痰等症状，症状有时候会跟支气管炎和其他肺部感染相混淆。由于真菌性肺炎病程比较缓慢，如果没有使用针对性的抗真菌药物，会导致病人的临床症状越来越严重，出现较剧烈的咳嗽、发热、气喘等症状。

对于真菌性肺炎的病人早期诊断是非常有意义的，可以选择恰当的抗真菌药物，并可以根据真菌的细菌培养及药敏结果选择敏感的药物治疗，对于长期使用抗生素和糖皮质激素的患者，要警惕发生真菌性肺炎或者其他真菌感染性疾病。