支原体肺炎的患者咳嗽的很严重往往是由于感染的相对比较严重，也可能是在治疗上没有选择合适、恰当的抗感染药物，所以在抗生素的选择上非常重要，可以经验性的选择针对支原体肺炎的抗生素，例如阿奇霉素、盐酸莫西沙星、盐酸左氧氟沙星等，待病原体的培养及药敏试验结果回报以后选择更敏感的抗生素进行治疗。

在止咳药物上可以选择苏黄止咳胶囊、咳露口服液等，也可以尝试使用吸入用布地奈德混悬液来改善气道痉挛，缓解剧烈咳嗽的症状。