急性呼吸道感染的主要病原体大部分是见于病毒感染，在临床统计上大概有70%左右，都是由病毒感染。而且病毒包括有呼吸道合胞病毒、冠状病毒、流感病毒、副流感病毒、鼻病毒、腺病毒等，以及柯萨奇病毒等。

其他的30%左右主要是由细菌感染所引起，可由急性上呼道感染的病毒感染之后继发有细菌感染，或者直接就由细菌感染所引起。此外还有一些其它的病原体，比如金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌以及克雷伯杆菌、支原体、衣原体等病原体感染。