肺动脉中度高压的治疗，主要是以综合治疗为主，根据患者不同的病情来选择。首先是支持治疗，包括抗凝剂的使用，比如阿司匹林；利尿剂的使用，比如速尿、双氢克尿噻等；洋地黄的使用，包括地高辛、西地兰等强心，以及适当的吸氧。

另外，还可以使用靶向药物治疗，包括波生坦片、安立生坦片、伊洛前列素、曲前列尼尔等，以及介入封堵治疗、肺血管球囊扩张术和支架植入、球囊房间隔造口术等，其他的手术，包括肺动脉血栓内剥离术等。对于药物治疗反复无效的肺动脉中度高压，还可以采取肺移植手术，达到治愈的目的。