肺结核的确诊有时比较困难，在临床上有许多检查可以用来辅助肺结核的诊断，但是这些检查都有一定的局限性，给肺结核的诊断带来一定的困难，比如痰抗酸染色或者痰结核菌培养，如果这些结果是阳性，基本上可以确定肺结核的诊断，但是许多肺结核的患者上述检查结果是阴性。结合DNA检测对于诊断肺结核也有比较大的帮助，但是许多结核病的患者结合DNA检测也是阴性。

胸部CT或者胸片对于肺结核的诊断也有一定的帮助，但是依靠胸部CT或者胸片很多时候既不能够确定肺结核的诊断，也不能够排除肺结核的诊断。结核γ干扰素释放试验以及结核菌素试验对于肺结核的诊断有一定帮助，但是这些结果是阳性，也不能够确诊是活动性肺结核。这些结果是阴性，也不能够排除活动性肺结核。综上所述，肺结核的诊断有时非常困难，甚至有可能需要做纤维支气管镜肺活检或者经皮穿刺肺活检送检病理学检查，以进一步辅助诊断。