一般怀孕12周之内，也就是怀孕早期的三个月之内，是胚胎停育最容易发生的时间。因为怀孕早期，胚胎与子宫结合不是很紧密，任何不利因素都可能导致胚胎停育，比如外界不良刺激、药物影响、情绪大起大落，存在高龄初产、高血压、免疫系统疾病、血液系统疾病等全身系统疾病，局部血液循环不好等母体因素，可能导致胚胎停育。

另外，孕育过程中有优胜劣汰的特性，如果夫妻双方精子、卵子质量不好，染色体有异常，绒毛发育不良，有遗传性疾病等导致胚胎发育不良时，也可能出现胚胎停育。