结石可以口服排石药物，大量喝水，对于结石小于0.6cm，表面光滑，如果没有下尿路梗阻，可以采用药物排石治疗。尿酸结石及胱氨酸结石，可以采用药物溶石治疗。尿酸结石可以口服枸橼酸氢钾钠、碳酸氢钠碱化尿液，口服别嘌呤醇以及饮食调节。

对于感染性结石，可以口服抗菌素，口服氯化铵酸化尿液，可以用脲酶抑制剂控制结石长大，应该限制食物中磷酸的摄入。对于所有的结石药物治疗的时候，都应该增加液体，包括大量喝水，增加尿量。