结石引起的尿路感染，除外口服抗感染药物治疗，还需要针对结石予以治疗，比如进行体外冲击波碎石治疗或者进行手术治疗，清除体内的结石，感染才可以得到有效的控制。用药原则上可以选择喹诺酮类的抗菌素或者头孢类的抗菌素，比如盐酸左氧氟沙星胶囊、头孢克肟胶囊，或者静脉输注盐酸左氧氟沙星注射液、注射用头孢呋辛钠等药物来进行治疗。

如果在感染的急性期，则不能进行体外冲击波碎石或者手术，否则会造成有感染的播散，需要等待感染完全控制以后，这时再进行体外冲击波碎石或者手术治疗，将降低感染性休克或者尿源性脓毒血症的发生概率。如果只是针对感染治疗，没有针对结石治疗，则可以造成有感染反复发作的情况发生，所以，在治疗感染的同时需要针对结石一并治疗。