头孢克肟可以应用于治疗尿道炎，口服的头孢三代的抗菌素，对于革兰氏阴性杆菌、革兰氏阳性球菌都有良好的治疗作用，比如泌尿道常见感染菌大肠埃希菌、克雷伯杆菌等都有比较好的疗效。对耐β内酰胺酶类的细菌，也有一定的疗效，可以作为经验性用药的首选。使用头孢克肟胶囊，患者必须没有头孢菌素的过敏史。

如果从未口服，需要到医院做头孢菌素的试验才能服用，否则可能会发生过敏反应。头孢克肟胶囊针对特殊的病源菌治疗效果较差，比如支原体、衣原体感染所致的尿道炎，或者真菌感染所致的尿道炎，不能选择头孢克肟进行治疗，需要调整其他的抗菌素进行治疗。

服药期间需要适当多饮水，多排尿，如果有条件最好到医院进行尿常规，或者分泌物的涂片培养等检查，明确病原菌以后，针对性的选择药物进行治疗。如果无条件作上述的检查者，经验性用药可以选择头孢克肟进行治疗。