小拇指长水疱的原因有很多，但主要有以下几点：

1、手癣，由于手部感染真菌，会引起红斑、水疱、丘疹等损害。

2、湿疹，通常是由于长期接触碱性洗护用品，比如洗涤剂、香皂、清洁剂等，对于皮肤产生了一定刺激，就会出现湿疹。

3、汗疱疹，也叫出汗不良性湿疹，是由于汗腺导管堵塞引起的湿疹样的皮肤病。

4、另外，手部接触化学试剂、药物等，也会产生刺激，出现水疱。

5、值得注意的一点就是疥疮引起的手指的小水疱，疥疮是由于疥虫感染皮肤引起的皮肤病，有传染性。