毛囊炎和疱疹的区别如下：

1、致病原因不一样。毛囊炎是由于机体免疫力下降，细菌感染引起的，多为痤疮丙酸杆菌感染。疱疹是由于机体免疫力下降，病毒感染，病毒多为单纯疱疹病毒或者水痘-带状疱疹病毒。

2、在临床治疗上不一样。毛囊炎的治疗可以应用抗菌消炎的药物，比如外用药选择克林霉素磷酸酯凝胶、复方多粘菌素B软膏、夫西地酸软膏、氧氟沙星凝胶，口服药可以选择多西环素胶囊或者美满霉素胶囊。疱疹的治疗需要外用阿昔洛韦软膏，如果疼痛比较剧烈，还可以应用辣椒碱软膏，并且服盐酸伐昔洛韦片或者泛昔洛韦片治疗。